Situés entre 800 et 1200 mètres d’altitude, ces lacs sont généralement bordés par des milieux humides qui se caractérisent par une végétation particulière et spécifique, appelée tourbière.
Comptant parmi les plus élevés du Haut-Jura, les lacs et tourbières de Bellefontaine et des Mortes représentent un contexte écologique de très grande valeur avec leur végétation caractéristique de type boréo-arctique.
Ils font partie de ces sites protégés et classés Natura 2000 : cette reconnaissance vise à préserver ces écosystèmes face aux menaces (sécheresse, pollution agricole…) et à garantir une protection renforcée pour ces habitats fragiles.